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RRS Charles Darwin CD132 (AMBITION)
Cruise summary report
Cruise Info. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ship name (ship code) | RRS Charles Darwin (74AB) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cruise identifier | CD132 (AMBITION) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cruise period | 2001-08-30 — 2001-09-29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Completed | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Port of departure | Victoria, Seychelles | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Port of return | Muscat, Oman | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Purpose | Research | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Objectives | The objectives of the five participating M&FMB projects were:
1) To collect material (preserved filtrates and frozen samples) for DNA extraction and analysis on return to Cardiff, particularly in more eutrophic waters [Fry & Weightman (Cardiff): Isolation and characterisation of unculturable? Heterotrophic marine bacteria]. 2) To sample the upper-ocean for methyl bromide (MeBr) and isolation of MeBr-utilising bacteria. Carry out onboard experiments using gas chromatographs, liquid nitrogen, gas bottles and incubators. [Murrell & McDonald (Warwick), Nightingale (PML): Methyl bromide metabolism in the marine environment ] 3) To sample the horizontal and vertical distributions of picoeukaryotes in relation to environmental gradients. Also investigate temporal responses (diel changes in situ and via deck incubations) and carry out DNA and RNA analyses. [Scanlan (Warwick): In situ community structure of marine photosynthetic picoeukaryotes ] 4) To generate a range of size-fractionated samples for analysis of nif gene diversity, together with information on environmental conditions (to determine factors affecting gene expression). [Wyman (Stirling) & O?Donnell (Newcastle): Nitrogen fixing microbes in the sea - a molecular approach linking phenotype to 16S rRNA phylotype] 5) To characterise bacterioplankton community and to investigate their links to biogeochemical functions. [Zubkov & Burkill (PML): Bacterial biodiversity; dominance, competitiveness and functionality within communities] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chief scientist | Peter H Burkill (Plymouth Marine Laboratory) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Project | Marine and Freshwater Microbial Biodiversity (M&FMB) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cruise report | (3.72 MB) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ocean/sea areas | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
General | Indian Ocean Arabian Sea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Track charts | (0.47 MB) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Measurements | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Physical oceanography | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTD stations | Description: Lots of samples were taken throughout the cruise. FRRF deployments Nucleic acid analysis samples Microplankton Phytoplankton Bacterioplankton Nitrogen flux experiments CTD samples | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biology and fisheries | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phytoplankton pigs (eg chlorophyll, fluorescence) | Description: Lots of samples were taken throughout the cruise. FRRF deployments Nucleic acid analysis samples Microplankton Phytoplankton Bacterioplankton Nitrogen flux experiments CTD samples | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phytoplankton | Description: Lots of samples were taken throughout the cruise. FRRF deployments Nucleic acid analysis samples Microplankton Phytoplankton Bacterioplankton Nitrogen flux experiments CTD samples | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Data held at BODC | Get data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Series/Profiles | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
69 Bottle station | Reference numbers Nitrite concentration parameters in the water column Carotenoid and flavenoid pigment concentrations in water bodies Vertical spatial coordinates Phosphate concentration parameters in the water column Silicate concentration parameters in the water column Ammonium and ammonia concentration parameters in water bodies Nitrate concentration parameters in the water column Quality control flags Chlorophyll pigment concentrations in water bodies Reference numbers Nitrite concentration parameters in the water column Carotenoid and flavenoid pigment concentrations in water bodies Vertical spatial coordinates Phosphate concentration parameters in the water column Silicate concentration parameters in the water column Ammonium and ammonia concentration parameters in water bodies Nitrate concentration parameters in the water column Quality control flags Chlorophyll pigment concentrations in water bodies
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Discrete samples | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
65 CTD frame plus rosette sampler | Dissolved oxygen parameters in the water column Microzooplankton taxonomy-related biomass expressed as carbon per unit volume of the water column Phytoplankton taxonomic abundance in water bodies Phosphate concentration parameters in the water column Salinity of the water column Concentration of suspended particulate material in the water column Zooplankton taxonomy-related biomass expressed as carbon per unit volume of the water column Phytoplankton taxonomic biomass in water bodies Phytoplankton generic biomass in water bodies Silicate concentration parameters in the water column Visible waveband radiance and irradiance measurements in the water column Bacteria generic abundance in water bodies Density of the water column Ammonium and ammonia concentration parameters in water bodies Zooplankton non taxonomy-related abundance per unit volume of the water column Bacteria taxonomic abundance in water bodies Microzooplankton taxonomic abundance in water bodies Phytoplankton generic abundance in water bodies Molecular biology parameters Metadata parameters Zooplankton non taxonomy-related biomass expressed as carbon per unit volume of the water column Nitrate concentration parameters in the water column Chlorophyll pigment concentrations in water bodies Dissolved organic carbon uptake and production in the water column New production in water bodies Primary production in the water column Bacterial production in the water column Transmittance and attenuance of the water column Regenerated production in water bodies Bacteria taxonomy-related biomass expressed as carbon per unit volume of the water column Carotenoid and flavenoid pigment concentrations in water bodies Particulate total and organic nitrogen concentrations in the water column Nitrite concentration parameters in the water column Temperature of the water column Zooplankton taxonomy-related abundance per unit volume of the water column | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
7 Fast Repetition Rate Fluorometer | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
11 In situ productivity incubations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
61 Moving Vessel Profiler instrument | Sound velocity and travel time in the water column Temperature of the water column Salinity of the water column Density of the water column Raw fluorometer output Chlorophyll pigment concentrations in water bodies | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
98 Sample taken from ship's non-toxic supply | Temperature of the water column Salinity of the water column Chlorophyll pigment concentrations in water bodies | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
18 Stand-alone pumps | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1 Surface water sample collected by a bucket on a rope | Phytoplankton taxonomic abundance in water bodies Phytoplankton generic abundance in water bodies | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
12 Unspecified zooplankton net or nets | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
7 Water bottle hydrocast | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1 Water sample pooled from multiple CTD-rosette stations |